奈良時代、聖武天皇の詔によって建立された寺院跡で、後醍醐天皇行在所跡です。国の重要無形民俗文化財で隠岐国分寺に平安時代から伝わる古典芸能「隠岐国分寺 蓮華会舞(れんげえまい)」が毎年4月に奉納公演されます。